Câu chuyện bắt đầu khi nhóm Satoshi nhặt được một quả trứng được xem là của một chú Pokemon huyền thoại Jirachi, Pokemon có năng lực ban đến điều ước thành sự thật đang ngủ say trong đó, cũng chính vì thế mà luôn bị dòm ngó. Nhóm Satoshi vô tình đi vào một đoàn xiếc Pokemon ở đó cậu đã gặp 2 nhà huấn luyện pokemon, nhưng sự việc của quả trứng xuất hiện đã bị những người ham muốn tìm cách chiếm đoạt. Khi Jirachi thức dậy, bọn chúng đã bắt Jirachi để cung cấp một nguồn năng lượng có thể triệu tập những Pokemon hủy diệt.